L’objectif d’une évaluation génétique est d’estimer la valeur génétique des reproducteurs, c’est-à-dire ce qu’ils transmettent en espérance à leurs descendants pour un caractère donné. Cette valeur génétique n’est pas observable et doit donc être estimée à partir de trois types d’information, les généalogies, les performances (ou phénotypes) et, plus récemment, l’information des polymorphismes du génome. A l’issue d’une évaluation génétique, un animal aura donc différentes valeurs génétiques correspondant aux différents caractères évalués. La sélection génétique s’appuie sur ces valeurs objectives pour l’amélioration génétique des animaux.
Pour réaliser sa mission d’évaluation génétique, l’INRA mobilise les Systèmes Nationaux d’Information Génétique (ou SNIG). Pour chaque espèce, le SNIG est un logiciel partagé entre tous les organismes concernés et développé sous la maîtrise d’œuvre des Instituts Techniques. Il comprend une base gérant l’ensemble des données produites par les nombreux partenaires: EDE (identification et filiations), organismes de contrôle de performances, centres d’insémination, associations de race, laboratoires, abattoirs.. Le Centre de Traitement de l’Information Génétique (CTIG, centre informatique du Département de Génétique Animale, localisé à Jouy-en-Josas (78)) est le niveau central de ce réseau complexe. Il centralise et échange les données de plus de 200 organismes. A titre d’illustration, le SNIG bovin au CTIG, mis à jour en permanence, contient l’identification de 200 millions d’animaux, 80 millions de lactations, 500 millions de contrôles laitiers, 70 millions d’inséminations et 13 millions d’enregistrements de conformation. GABI a la responsabilité de l’évaluation génétique des bovins, des porcs et des chevaux. A ce titre, nous développons des méthodes statistiques et leurs applications informatiques, réalisons les calculs et émettons des recommandations d’utilisation. Les évaluations sont réalisées périodiquement, d’une fois toutes les deux semaines pour les plus fréquentes à une fois par an, selon l’espèce et le caractère. Le nombre de caractères évalués augmente régulièrement dans toutes les espèces, pour prendre en compte la complexité des objectifs de sélection et des besoins. Au cours du temps, au-delà des caractères de productivité directement lié aux ventes de produits se sont rajoutés des caractères de qualité des produits (viande, lait) puis des caractères fonctionnels essentiels pour la longévité et la santé des animaux. Ainsi, une trentaine de caractères sont évalués par exemple chez les bovins laitiers. Les caractères les plus récemment évalués sont la mortinatalité des veaux, la résistance aux mammites, les caractères de carcasse enregistrés en abattoir.
Ce travail d’évaluation est réalisé en étroite collaboration avec les Instituts Techniques qui sont en charge de la diffusion des résultats aux utilisateurs. Six ingénieurs de l’Institut de l’Elevage travaillent par exemple à GABI pour les évaluations génétiques bovines, certifiées ISO 9001 depuis 2006. Cette forte relation entre les équipes de l’INRA et de l’Institut de l’Elevage a été reconnue par le Ministère de l’Agriculture avec la mise en place d’une « Unité Mixte de Technologie » en 2006. Cette UMT définit les projets communs et les rôles de chacun. De même, deux ingénieurs du Ministère de l’Agriculture conduisent également les évaluations génétiques des chevaux de sport et de course et bénéficient de notre environnement scientifique et informatique. Chez le porc, l’évaluation est conduite en étroite collaboration avec l’Institut de la Filière Porcine (IFIP).
L’utilisation des données de la génomique révolutionne actuellement le domaine des évaluations génétiques. GABI est à la pointe de la recherche mondiale pour le développement de nouveaux outils et méthodes permettant d’utiliser toutes ces nouvelles informations. Depuis 2001, un programme de sélection assistée par marqueurs est conduit pour les bovins laitiers en partenariat avec l’Union Nationale des Coopératives d’Insémination Artificielle (UNCEIA) et le laboratoire Labogena. Ce programme a ensuite largement évolué du fait de l’utilisation massive de nouveaux outils de génotypage à haut débit. Le génotypage de 3200 taureaux d’insémination pour 54,000 SNP a permis la mise en place d’une sélection génomique dès Octobre 2008. Depuis, plus de 20,000 animaux sont génotypés chaque année et la qualité de l’évaluation qui en découle ne justifie plus la mise en testage sur descendance des taureaux. Cette innovation est sans doute la plus importante en sélection depuis plusieurs dizaines d’années. Ce programme connait des développements très importants avec une forte collaboration européenne dans le cadre du projet EuroGenomics, l’officialisation des index mâles en juin 2009, l’officialisation des index femelles et l’ouverture du service aux éleveurs en janvier 2011. Des développements analogues sont en cours chez les bovins allaitants, les porcs et les chevaux.
